市重点实验室实行管理委员会领导下的主任负责制，建设期内采取兼职为主的科技研究开发人才队伍，和业务管理依托河海大学常州校区的运行机制。按照常州市高技术研究重点实验室管理办法(常科发〔2005〕109号)和高技术研究重点实验室建设项目合同书规定的建设内容，实施重点实验室的建设与运行。

市重点实验室在产学研合作机制、人才培养与团队建设制度、面向社会及企业开放服务制度、仪器设备及设施操作规程、科学数据及档案管理、技术成果管理办法、技术交流及转让管理办法等规章制度，执行河海大学和河海大学常州校区的有关规章制度。还根据具体情况，就实验室建设、管理与运行事宜，研究制定了一系列规章制度，包括：常州市图形图像与骨科植入物数字化技术重点实验室章程、常州市图形图像与骨科植入物数字化技术重点实验室学术委员会工作细则、常州市图形图像与骨科植入物数字化技术重点实验室开放课题管理办法、常州市图形图像与骨科植入物数字化技术重点实验室开放基金申请指南、常州市图形图像与骨科植入物数字化技术重点实验室开放课题申请书及常州市图形图像与骨科植入物数字化技术重点实验室仪器设备及设施操作规程等。上述规章制度的建立，为实验室的有效建设、规范管理和正常运行提供了有力的保障。